Ce fut le clan le plus réputé de Konoha. C'était un ancêtre Uchiha qui avait fondé les forces de l'ordre de konoha. Presque tous sont dans la première division des forces de police, ce qui explique pourquoi au lieu de travail du père de Sasuke et Itachi, le symbole du clan a été gravé dans un shuriken.
Ils avaient une force considérable surtout grâce à leur doujutsu, le sharingan, ce don héréditaire que seuls les membres du clan pouvaient posséder. Le sharingan pouvait non seulement parvenir à mieux apercevoir les déplacements de l'adversaire mais aussi à copier les techniques de celui-ci.
Un membre sortait vraiment du lot, Itachi Uchiha. C'était le génie du clan. A 7 ans, il était diplômé. C’était largement le meilleur de sa classe. A 8 ans, il était déjà capable d'utiliser son sharingan. A dix ans, il a passé avec succès l'examen chuunin. C'était la fierté du clan.
Il y avait aussi son petit frère, Sasuke qui était très doué. Leur père était le chef des forces de l'ordre et il était fier de ses deux fils et en particulier d’Itachi. Ce dernier devint ANBU...
Un jour, 3 membres du clan Uchiha arrivent à la demeure d’Itachi et le demandent. Ils le questionnent, lui demandent pourquoi il ne s'est pas rendu à la réunion le jour passé. Il ne répond rien. Peu de temps après, ils l'accusent du crime de Shishui Uchiha, qui avait été déclaré comme un suicide, le deuxième homme qui n’était pas venu à la réunion. Itachi affirme que ce n'est pas lui, il commence à s'énerver car on le soupçonne et met à terre les trois hommes.
Il aurait pu continuer mais Sasuke lui demande d'arrêter à ce moment là et il présente ses excuses. Son père arrive, demande aux trois membres de partir et leur dit qu'il fera attention à lui… les jours passèrent, son frère Sasuke venait tout juste de parvenir a maîtriser le Katon.
Sasuke part le matin à l’école et revient tard le soir. Les rues du quartier Uchiha sont désertes. Il a comme un pressentiment : en continuant son chemin, il voit par terre des membres du clan morts. Il court et voit sa grand mère et son grand père morts! Il va dans sa maison, entend quelque chose dans le dojo et entre. Il voit sa mère et son père par terre morts ! Quelqu’un est dans l'ombre : Itachi. Itachi a agit comme ça pour se tester. Il n'avait aucun avenir dans ce clan et ils ne le laissaient pas progresser à son rythme.
Sasuke s’échappe mort de peur mais Itachi le prend de vitesse, le rejoint et l'épargne ! Il affirme avoir jouer le rôle du frère modèle pour que Sasuke évalue l'étendue de son pouvoir. Maintenant Sasuke pourra par la suite évaluer Itachi. Itachi lui dit que pour atteindre les sommets il lui fallait avoir la pupille, le Mangekyou Sharingan. Pour l'avoir ; une seule condition: tuer son ami le plus proche.
Donc c'est bien Itachi qui avait tué Shishui pour avoir ce Sharingan spécial. Il lui révèle un endroit au temple de Nakato sous le 7 ème tatami au fond du couloir où se tient le véritable secret des Uchiha, qui ils étaient exactement. Trois personnes peuvent a présent utiliser le Mangekyou Sharingan : Itachi, Sasuke et un autre Uchiha dont nous ne connaissons pas encore le nom.
Avant de disparaître, Itachi dit une dernière chose a sasuke " Imprudent petit frère… Si tu veux me tuer, maudis moi, hais moi, et vit une longue et affreuse vie, fuis, fuis et accroche toi a ta piteuse vie ! Et un jour quand tu auras les mêmes yeux que moi, pars à ma rencontre… Voilà comment le clan Uchiha a été exterminé. Itachi rejoingna l'organisation d'akatsuki, laissant derrière lui tout ces sentiments.